在2024年《美国新闻与世界报道》的美国大学排名中,加州大学圣克鲁斯分校位列美国最佳大学排行榜中公立大第40名,全美第83位。值得一提的事,该校在游戏/模拟开发领域排名第5位,在美国最佳公立游戏设计学院中排名第2位。圣克鲁斯分校被普林斯顿评论杂志在“产生影响力”方面排为全国公立大学第2位。
2023年,加州圣克鲁斯在被美国新闻与世界报道本科教学卓越性方面排名前20,在促进社会流动性全美大学排名第16位。
2017年,美国著名财经杂志Kiplinger将加州大学圣克鲁斯分校评为全美最佳价值的前100所公立大学之一,位居全国第50,加利福尼亚州排名第3位。《Money》杂志将加州大学圣克鲁斯分校评为2016年全美最佳大学排名中的第41名,该排名包括了近1500所学校。2016-2017年,根据《 泰晤士排名》,加州大学圣克鲁斯分校在全球排名第146位。2016年,根据世界大学学术排名位列全球第83位,根据QS世界大学排名于2016年位列全球第296位。
2009年,研究经济学文章的在线数据库RePEc将加州大学圣克鲁斯分校经济学系在国际金融领域排名全球第6。2007年,《High Times》杂志将加州大学圣克鲁斯分校评为美国大学中的“反文化大学”中的第1名。2009年,《普林斯顿评论》(与《GamePro》杂志合作)将加州大学圣克鲁斯分校的游戏设计专业评为全国前50名之列。2011年,《普林斯顿评论》和《GamePro Media》将加州大学圣克鲁斯分校的游戏设计研究生项目评为全国第七名。2012年,加州大学圣克鲁斯分校被评为《普林斯顿评论》最美丽校园排行榜第三名。
除部分专业由大学的巴斯金工程学院管理之外,大部分的本科专业仍然基于克拉克·克尔和迪恩·麦克亨利在创校之初的原始计划中所概述的寄宿制学院系统。在入学时,所有本科生都有机会选择十个学院中的一个,通常会在整个本科学业期间附属于该学院。由于每个学院都举行不同的毕业典礼,一些学生会更改其学院隶属关系。几乎所有的教职工成员也与某个学院有关联。各个学院提供住宿和餐饮服务,而整个大学则为全体学生社区提供课程和专业。其他采用类似学院体系的大学包括莱斯大学和圣迭戈加利福尼亚大学。
每个学院都有自己独特的建筑风格和一个常驻该学院的教务长,后者是该学院的名义上的负责人。一名新生将在他或她所属的学院内参加一门强制性的“核心课程”,该课程的课程设置和中心主题是独特的。每个学院的居住人口在750至1550名学生之间不等,大约一半的本科生住在他们所属学院的校区内或者在较小的校区社区内,如国际生活中心社区、拖车公园社区和村庄社区。课程、学术专业和一般学习领域并不受学院成员资格的限制,尽管各个学院承载了许多其他学术部门的办公室。研究生不隶属于任何住宿学院,尽管他们的许多办公室也一直以来往往设在学院内。